解決できました。
root user や、X が起動していない console での suspend/resume は問題なかったのですが、やはり、hal (hardware Abstract Layer) と dbus による keyboard の自動認識が影響していました。
Workaround は、input device の認識を hal に任せず従来どおり xorg.conf で管理するという方法です。
これがわからなかったんだけど、わかってみるとさんざん目にした keyword だった orz
ServerLayout section に、下記の 1 行を追加。
Option "AutoAddDevices" "off"
X server の再起動が必要なので、適当に logout/login すればよいです。
これで、管理を hal から切り離せ、従来の認識方法に戻ります。
このあたりの仕組みは、こちらが参考になります。
http://wiki.debian.org/XStrikeForce/InputHotplugGuide
http://kmuto.jp/d/index.cgi/debian/input-hotplug-guide.htm
ふぅ
